Pavol Holý odstúpil Kamenný mlyn svojmu synovi Martinovi, ktorý ho v roku 1528 za 600 zlatých predal trnavskému mešťanovi Jánovi Himmerovi. Po smrti Martina Holého nastali spory o majetky, pretože zomrel bez mužských potomkov a jeho pozostalosť daroval panovník Ferdinand I. Františkovi Ujlakymu, majiteľovi Bieleho Kostola, ktorý sa dostal do sporu s mestom Trnava. Napokon sa situácia vyriešila tak, že Ján Himmer sa dohodol s vedením mesta na odpredaji Kamenného mlyna za cenu 600 zlatých. Mesto vyplatilo Himmerovi 300 zlatých v apríli 1540 a zvyšnú sumu malo splácať nasledujúce roky vždy na sviatok sv. Juraja po 100 zlatých, až kým nevyplatilo celú sumu. Definitívne sa Trnava stala majiteľom mlyna po poslednej splátke – 21. marca 1542. (Adrian Lančarič, Trnavské mlyny v archívnych prameňoch)
V archíve sa zachovala nájomná zmluva na Kamenný mlyn medzi mestom Trnava a mlynárom Sebastiánom z roku 1666. (Štátny archív v Trnave, fond Magistrát mesta Trnava, MG Economica, Molae – mlyny 1493 – 1819,bez signatúry)
Zachoval sa situačný nákres Kamenného mlyna a Bieleho Kostola s okolitými cestami, rybníkom, poľami a potokom Parná z roku 1699 (Štátny archív v Trnave). Dôvodom jeho vyhotovenia bol znovuotvorený spor o samotný Kamenný mlyn s priľahlým rybníkom. V roku 1592 sa totiž obec Biely Kostol opätovne pokúsila získať mlyn, no mestský magistrát sa súdne ubránil a bola následne uzavretá priateľská dohoda, pri príležitosti ktorej sa na chotárnych hraniciach vytýčili kopce hliny a vysekali kríže na veľkých a starých vŕbach. V roku 1630 sa novými majiteľmi Bieleho Kostola stali trnavskí jezuiti, ktorým ho daroval Daniel Esterházy. Tí však v roku 1646 uzavreli verejnú cestu medzi obcou a mestom, čím vyslovili otvorenú požiadavku pripojiť Kamenný mlyn s priľahlým rybníkom k Bielemu Kostolu, proti čomu pochopiteľne mesto Trnava protestovalo pred Ostrihomskou kapitulou. Spor trval niekoľko rokov, no „vďaka“ nemu bol v roku 1699 vyhotovený tento situačný nákres. Po dlhých rokoch vyšetrovaní však hranice zostali také, aké boli na začiatku sporu. (Adrian Lančarič, Trnavské mlyny v archívnych prameňoch)
